造成子宫内膜异位症的原因不明。然而，大部分的研究指出子宫内膜异位症是因雌激素导致恶化。目前尚未有治疗方案能完全治愈子宫内膜异位症。

有些较被公认的原理指出，事实上是合成因素造成一些女性患上子宫内膜异位症。

一些研究则指出一些较有可能的原理，如化生内膜，经血逆流，遗传因素，免疫防御功能缺陷和环境的影响像是环境里含有毒素。虽然这原理还未被证实也还仍有争议，但这些都能影响生殖激素和免疫系统防御。